要是制氮機里面留有水分，是可以用凈除方式將其去除，主要有兩種方法：吸附法和凍結法。吸附法是表面能吸附蒸氣和液體而使用的一種方法。是空氣從進氣口進人通過吸附劑層，水分是會被吸附劑給吸著.不過吸附劑吸附能力是有一定限度的，經過一段時間的使用以后，吸附劑是需要重新生，是能利用干燥氮或者是通過高溫吸附劑層，把吸附劑里面的水分帶出。
　　為了使空氣干燥的工作不停頓，必須配置兩個干燥器，一個工作，一個再生。吸附劑在吸附水分時要放出潛熱，使吸附劑溫度升高，這樣就降低吸附劑的吸附為此，在容器外用冷卻水加以冷卻，可以提高吸附劑的吸附性能。
　　吸附法一般用于中小型制氮機中。凍結法凈除空氣中的水分是在若冷器或可逆式熱交換器(板翅式熱交換器)中進行的。也就是說，蓄冷器和板翅式熱交換器不僅是換熱設備，而且也是空氣凈化設備。當空氣通過蓄冷器(或板翅式熱交換器)時，隨著空氣溫度的降低，在共達到飽和點時，水分便不斷地從空氣中析出，凝聚在城料表面上(或板翅式的肋片上)。
　　空氣出蓄冷器(或板如式熱交換器)的溫度在零下1700C左右，所以空氣中所含的水分基本上可全部凈除。水分凝聚在填料(或肋片)上，會使氣流阻力增加，并影響空氣與填料之間的換熱。同時，隨著空氣的冷卻，填料溫度在上升，經過一定的時間，凈除效果札換熱效果就會受到影響，此時必須停止工作，使水分去掉，并填料，也即從加熱周期轉入冷卻周期。依靠從精餾塔來的冷氣流氮氣、廢氮氣)，可以冷卻填料和去掉水分。
　　在冷氣流通的時候，是會因為冷氣流壓力低，沒有水分，此時填料或肋片上面的水分批靠擴散過程便會進入冷氣流中。這個時候是會隨著填料不斷被冷卻，這個時候水分也就會被帶出設備以外，以此來達到凈除的一個目的。注意為了可以連續(xù)凈除和換熱，蓄冷器的配備一定要有兩個。